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1993年7月1日2388次院會通過之「振興經濟方案」中，正式提出「增設南部科學工業園區」而將選址範圍縮小至南臺灣地區。表示「在南部大學鄰近地區，選擇適當地點籌設面積約300公頃之科學工業園區，作為發展生物技術、精密儀器及航太暨自動化零組件等之專業區。」國科會於1994年1月組成專案小組，召開規畫設置南部科學園區的第一次會議，對於南部具體定義為雲林以南，將原11個預定地先行汰存6址。

決定南部設置後，期間高雄縣政府曾提出「雙子星科學城計劃」將南科分設於虎山（台糖仁德糖廠所有）^[7]，並以捷運串連以求雙贏。1994年7月，國科會放棄竹科第三期徵收計劃，正式投入南部科學園區的選址規畫。科學園區管理局於同年7月21日南下實地踏勘，8月6日協同規畫單位向國科會主委郭南宏報告中反對雙子星計劃。最後國科會宣布以台南新市及高雄路竹進行最後評選，南科擇一落腳。

定案

1994年9月21日，園區管理局訂出9位南科評選委員的名單。包括廠商代表、專家學者與大學校長等，並經由臺南與高雄兩縣的同意。30日國科會邀請兩縣舉行座談會，並請提送合作計劃書交由評選委員審查。兩縣於11月30日各自遞交。

1995年1月10日評審委員實地勘察新市及路竹預定地，兩地沿途皆有民眾夾道歡迎，甚至有鞭炮、舞龍舞獅等，地方政府也在決選前辦理晚會的活動造勢。

1995年1月14日為決選日。評審委員當日首先進行重點項目的評比，決議若未獲一致結論再以分數加權計算。首先在自然條件、產銷環境、研發機構、 生活環境、行政配合細分等18條項目，挑出其中影響或差異較大的因素加以討論。此後再由各委員獨立評分，作整體性評比。在最後的推薦投票下，新市以8:1票數大勝路竹。^[8]而路竹雖競選失利，但高雄縣政府最後提出將預定地路竹作為南科的衛星園區並獲採納，即今高雄園區。

臺南園區

臺南園區第一期部分，位於臺南縣新市鄉、善化鎮、安定鄉間。

高雄園區

高雄園區位於高雄縣路竹鄉。2000年經濟景氣蓬勃時，台南園區一期可供建廠用地80％以上均已出租完畢，後續租地需求不斷湧進，為因應半導體與薄膜電晶體液晶顯示器（TFT-LCD）產業建廠所需大區塊建廠用地，以承接景氣，行政院於2000年5月同意由原台糖公司於高雄縣路竹地區開發之智慧型工業園區作為南科路竹園區用地，並於2001年4月6日核定。路竹園區於2004年7月27 日更名為高雄園區。

高雄生技園區

高雄市楠梓區又為配合國家「加強生物技術產業推動方案」及產業發展趨勢，高雄市政府積極爭取生技園區落腳高雄，經行政院2004年5月17日函示擇定於高雄市楠梓區之行政院退輔會所屬土地設置「高雄生物科技園區」，並由國科會依據「科學工業園區設置管理條例」開發營運，列為南科基地之一。行政院業於2005年1月20日原則同意「高雄生物科技園區籌設計劃」，詳細規劃內容已於2005年12月30日函報國科會陳報行政院核定中。